non puoi
o meglio, puoi ma devi scrivere degli script (non in Pd) appositi e fare un "package" contenente la versione di Pd che utilizzi che si avvia automaticamente da script. Se la tua necessità è quella di "celare" o rendere inaccessibile il sorgente: no way, e non vedo perchè dovresti visto che stai usando un software libero

un esempio simile è quello fatto dai ragazzi di delacrew che hanno sviluppato E.V.E.
http://www.delacrew.net/